Monitoring im Artenschutz umfasst zwei unterschiedliche Sachlagen. Zum Einen wird damit der Berichtspflicht der europäischen Mitgliedsstaaten an die europäische Kommission nach Art. 17 der FFH-Richtlinie nachgekommen (In dem Bericht werden Erhaltungszustände der FFH-Lebensaumtypen und -Arten, sowie Auswirkungen durchgeführter Maßnahmen aufgeführt).

Zum Anderen ist ein begleitendes Monitoring konkreter Vorhaben von großer Bedeutung. Dies kann von der zuständigen Behörde eingefordert werden, wenn z.B. Erfolge durchgeführter Ausgleichs- und Kompensationsmaßnahmen geprüft werden sollen. Mögliche Fehlentwicklungen können nach Durchführung eines Monitorings durch Korrektur- und Vorsorgemaßnahmen verhindert werden. Dazu zählen z.B. Anpassung von Betriebszeiten von Windenergieanlagen nach Totfundsuche (Fledermäuse und Vögel) oder Verbesserung von Habitaten für Amphibien nach erfolgter Umsetzung in neue Gebiete.