FCS-Maßnahmen (Favourable Conservation Status measures) können bei Eingriffsplanungen mit "zwingenden Gründen des öffentlichen Interesses" notwendig sein, um eine Verschlechterung des Erhaltungszustandes einer Art zu verhindern. Die zulässigen Ausnahmen werden nach § 45 Abs. 7 BNatSchG geregelt.

Bei den CEF-Maßnahmen (Continous Ecological Functionality measures) handelt es sich um vorgezogene Maßnahmen, die bei der Beurteilung von Verbotstatbeständen nach §44 Abs. 5 BNatSchG mit einbezogen werden können. Mit Hilfe dieser Maßnahmen soll also die kontinuierliche Funktionsfähigkeit einer Fortpflanzungs- oder Ruhestätte erhalten bleiben und mögliche Schäden zumindest auf ein Minimum reduziert oder gar beseitigt werden. Im Idealfall werden die Stätten durch die Maßnahmen sogar verbessert. Bei Erfüllung der Bedingungen kann es also dazu kommen, dass Verbotstatbestände nach Art. 12 und 13 der FFH-Richtlinie nicht mehr vorliegen und eine Befreiung nach Art. 16 nicht mehr erforderlich ist.

Beispiele für vorgezogene Maßnahmen können Ersatzquartiere für Fledermäuse sein, wenn das von ihnen bewohnte Gebäude abgerissen oder umgebaut wird. Als Ersatzquartiere können Fledermaus-Kästen dienen, die an nahegelegenen Bäumen angebracht werden, oder spezielle in nebenstehenden Gebäuden gestaltete Quartiere. Bei Amphibien und Reptilien können neu geschaffene Lebensstätten und eine Umsiedlung der betroffenen Population in diese eine sinnvolle CEF-Maßnahme darstellen. Der Erfolg dieser Maßnahmen sollte anschließend über ein begleitendes Monitoring untersucht werden.